原因是：孙杨未完整配合反兴奋剂检查且没有足够证明为何破坏检测样本。
孙杨在2018年9月的行为是“鲁莽的”，特别是他拒绝让血样随样品采集器离开，导致了赛外反兴奋剂检查未能完成。他违反了国际泳联反兴奋剂条例的相关规定。根据相关规定，这一行为应该被处禁赛。
2018年9月4日的一次赛外飞行药检（所谓飞行药检是指兴奋剂检测人员在事先不通知的情况下，直接前往运动员驻地进行兴奋剂检查）中，由于对检查人员出示的资质证明存疑，孙杨与兴奋剂检测人员发生冲突，并导致样品被砸碎，此次兴奋剂检测未能成功。
2019年1月，国际泳联裁决此次检查无效，孙杨不存在违反《世界反兴奋剂条例》的行为。两个月后，世界反兴奋剂机构（WADA）因不满国际泳联的裁决结果，向国际体育仲裁法庭（CAS）提出上诉，要求给予孙杨至少2年，最多8年的禁赛判决。
国际体育仲裁法庭于2019年11月15日在瑞士蒙特勒举行世界反兴奋剂机构诉中国游泳运动员孙杨和国际泳联（FINA）案的公开听证会。最终国际体育仲裁法庭做出了孙杨有罪，并按照最高8年的禁赛进行处罚。国际体育仲裁法庭的观点是：“运动员没有证明他有一个令人信服的理由来销毁他的样本收集容器，并放弃这次兴奋剂检测。”
孙杨案重审宣判
6月22日，国际体育仲裁法庭宣布，中国游泳奥运冠军孙杨的8年禁赛期将减为4年3个月（即51个月），禁赛起始日期为2020年2月28日，这意味着孙杨将无缘东京奥运会和2022年杭州亚运会。
孙杨案二次听证于5月24日-29日期间举行，与第一次听证会不同，本次听证会采用视频会议的形式闭门进行，不对任何媒体进行开放，国际体育仲裁法庭（CAS）发言人曾表示结果最迟将在6月底宣布。
在此前的审理中，孙杨被判禁赛8年，但后来孙杨方以仲裁员发表不当言论为由提出申诉，案件得以重申。新的三人仲裁小组包括瑞士人汉斯·纳特、法国人扬·鲍尔森和比利时人伯纳德·汉诺。
